学校创办于1988年。1997年1月，经杭州市西湖区教育局决定，成为杭州市西湖区教师进修学校附属小学，同时保留杭州市九莲小学校名。2012年7月与杭州市文三教育集团结为西湖区第二批紧密型教育共同体。现有教学班18个，师生800余名。杭州市文三教育集团九莲小学是中国教育学会学校管理机制实证研究实验学校，浙江师范大学幼儿师范学院艺术教学研究实践基地。